Sesuai dengan Permenkes No. 27 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Laboratorium Kesehatan Lingkungan mempunyai tugas dan fungsi sebagai berikut :

Tugas :

1. Balai Besar Laboratorium Kesehatan Lingkungan mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan laboratorium kesehatan lingkungan.
2. Selain melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada ayat (1), Balai Besar Laboratorium Kesehatan Lingkungan juga mendukung pelaksanaan tugas dari unit organisasi jabatan pimpinan tinggi madya yang berkesesuaian di lingkungan Kementerian Kesehatan setelah mendapat persetujuan dari Direktur Jenderal.

Fungsi :

1. penyusunan rencana, program, dan anggaran;
2. pelaksanaan pemeriksaan laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
3. pelaksanaan surveilans kesehatan berbasis laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
4. analisis masalah kesehatan masyarakat berbasis laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan Kesehatan lingkungan;
5. pelaksanaan pemodelan intervensi dan/atau teknologi tepat guna di bidang laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan
6. pelaksanaan penilaian dan respon cepat, dan kewaspadaan dini untuk penanggulangan kejadian luar biasa/wabah atau bencana lainnya berbasis laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
7. pelaksanaan penjaminan mutu laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
8. pelaksanaan sistem rujukan laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
9. pelaksanaan pengelolaan reagen dan logistik di bidang laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan Kesehatan lingkungan;
10. pelaksanaan koordinasi pengelolaan biorepositori;
11. pelaksanaan respon terhadap risiko nuklir, biologi, dan kimia di bidang laboratorium vektor, reservoir, zoonosis, dan kesehatan lingkungan;
12. pelaksanaan bimbingan teknis;
13. pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan;
14. pengelolaan data dan informasi;
15. pemantauan, evaluasi, dan pelaporan; dan
16. pelaksanaan urusan administrasi.